In den vergangenen Jahrzehnten hatte insbesondere der Dachstuhl der Marienkirche in erheblichem Maße unter dem Einfluss von Feuchtigkeit und Schadinsekten gelitten. Die Fußpfetten waren in weiten Bereichen verrottet, ebenso die Sparren im unteren Bereich (sogen. Sparrengebinde) sowie - wie sich während der Sanierung herausstellte - acht tragende Balken im Deckenbereich der Kirche, die in Teilen aufwändig erneuert werden mussten. Außerdem musste die Dacheindeckung erneuert werden, andernfalls die Schließung Kirchengebäudes drohte.

Die wertvolle Barockorgel war seit Jahren vom sogenannten "Bleifraß" befallen. Die befallenen Orgelpfeifen wurden ausgebaut und von der Orgelwerkstatt Reinalt Klein in Lübeck saniert.

Die Feuchtigkeit hat auch den wertvollen Malereien in der Turmhalle der Kirche zugesetzt. Diese seltenen und hierzulande fast einzigartigen Werke werden der Spätrenaissance zugerechnet, sie sind vermutlich im ersten Drittel des 17. Jahrhunderts entstanden. U.a. durch den Einbau einer automatisierten Belüftungsanlage sollen diese Gemälde im jetzigen Zustand gesichert werden.

Eine wesentliche Ursache für die Bauschäden an und in der Marienkirche war eindringende Feuchtigkeit bzw. das Raumklima in der Kirche. Die Erneuerung der Dacheindeckung wird hier eine deutliche Verbesserung bringen.